Flatpakでインストールした場合、DiscordとかのGUIで設定しても無理。
KDEシステム設定で自動起動を作る必要がある。
そしてデスクトップが起動する前にコマンドが走ってしまうので
~/.config/autostart/ にあるデスクトップファイルKWriteなどで以下のように編集して
2秒ほど寝かせて起動する。
Exec=/bin/sh -c "sleep 2; /usr/bin/flatpak run com.discordapp.Discord "
ちなみに隠しファイルの表示はCtrl + Hでできる